กลิ่นของอุจจาระส่วนใหญ่เชื่อมโยงกับกระบวนการเน่าเสียที่ส่งผลต่อกรดอะมิโนที่หลบหนีจากการดูดซึมในลำไส้ สารอาหารเหล่านี้แท้จริงแล้วถูกดักจับโดยแบคทีเรียในลำไส้ โดยผ่านกระบวนการดีคาร์บอกซิเลชันซึ่งผลิตเอมีนที่เป็นพิษดังต่อไปนี้:
อาร์จินีน → แอกมาไทน์
ซีสทีนและซิสเทอีน → Mercaptan
ฮิสติดีน → ฮีสตามีน
ไลซีน → cadaverine
ออร์นิทีน → พูเทรสซิเน
ไทโรซีน → ไทราตินา
ทริปโตเฟน → อินโดลและสกาโทเล
สารเหล่านี้หลายชนิดทำให้อุจจาระมีกลิ่นไม่พึงประสงค์เป็นพิเศษ อุจจาระมีกลิ่นเหม็นค่อนข้างแม้จะอยู่ในลำไส้เป็นเวลานาน เช่นเดียวกับในกรณีดังกล่าวของการดูดซึมผิดปกติ (โรค celiac, ตับอ่อนไม่เพียงพอ, การติดเชื้อในลำไส้, โรคโครห์น, อาการลำไส้ใหญ่บวมเป็นแผล, โรคลำไส้สั้น, โรคซิสติกไฟโบรซิส, ตับ โรคและทางเดินน้ำดีและโรคกระเพาะพร้อมด้วย hypochlorhydria) เมื่อ malabsorption เป็นโปรตีนส่วนใหญ่ กลิ่นของอุจจาระจะน่าสะอิดสะเอียน ในขณะที่จะกลายเป็นกรดและแทรกซึมเมื่อน้ำตาลและแป้งที่ไม่ดูดซึมหรือย่อยสลายได้ไม่ดีจำนวนมากเข้าสู่ลำไส้ใหญ่ จากนั้นจึงหมักโดยพืชในท้องถิ่นด้วยการผลิตกรดไขมันระเหยง่าย .
ท้องเสียและอุจจาระของมังสวิรัติมีกลิ่นไม่ดี
อุจจาระมีกลิ่นของปลาหรืออสุจิเป็นลักษณะของโรคบิดในช่องท้อง อหิวาตกโรค และโดยทั่วไปของเยื่อเมือก
โดยสรุป กลิ่นของอุจจาระจึงได้รับอิทธิพลจากนิสัยการกิน (ปริมาณโปรตีน อาหารที่มีกลิ่นหอม เช่น กระเทียมหรือหัวหอม เป็นต้น) โดยแบคทีเรียในลำไส้ โดยสภาวะสุขภาพและโดยนิสัยเฉพาะ (เช่น การสูบบุหรี่หรือการเคี้ยว) ยาสูบ) . โดยทั่วไปแล้ว การบริโภคอาหารมื้อเล็ก ๆ และสมดุลโดยไม่ต้องเชื่อมโยงอาหารที่ "เข้ากันไม่ได้" ในปริมาณมาก (ดูอาหารที่แยกจากกัน) ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพกระบวนการย่อยอาหารลดอุบัติการณ์ของความผิดปกติเช่นอุตุนิยมวิทยาและท้องอืดและให้ อุจจาระมีกลิ่นฉุน
กรณีใดก็ตามที่มีกลิ่นเหม็นของอุจจาระร่วมด้วยอาการต่างๆ เช่น อุจจาระสีดำ ชักช้า หรือสีซีด มีเลือดร่วมด้วย มีไข้ หนาวสั่น ปวดท้องรุนแรง มีเสมหะในอุจจาระมาก และน้ำหนักลด
