ค่า pH ของอุจจาระมักจะเป็นกลางหรือเป็นด่างเล็กน้อย (6.8 - 7.5) อุจจาระที่เป็นกรดมากกว่านั้น ทางสรีรวิทยาในทารกแรกเกิดเท่านั้น อาจบ่งบอกถึงการติดเชื้อในลำไส้ (Escherichia coli, Rotavirus) หรือความผิดปกติของระบบย่อยอาหาร เช่น แลคโตสหรือการแพ้ไขมัน (steatorrhea เนื่องจากตับอ่อนไม่เพียงพอหรือทางเดินน้ำดีชะงักงัน)
ค่า pH ของอุจจาระได้รับอิทธิพลจากพฤติกรรมการบริโภคอาหารของผู้ทดลอง ตัวอย่างเช่น อาหารที่อุดมด้วยเนื้อสัตว์และผลิตภัณฑ์จากนมมากเกินไปทำให้อุจจาระเป็นด่างมากขึ้น แบคทีเรียในลำไส้ที่เน่าเปื่อยจะทำลายกรดอะมิโนที่หลบหนีการดูดซึมทำให้เกิดเอมีนที่เป็นพิษและมีกลิ่นเหม็น ดังนั้น pH ของอุจจาระจึงมีแนวโน้มเพิ่มขึ้นอันเป็นผลมาจากการผลิตแอมโมเนียที่เพิ่มขึ้น ดังนั้นจึงไม่ใช่เรื่องบังเอิญที่ค่า pH ของอุจจาระที่มีความเป็นด่างมากเกินไป ร่วมกับการลดลงของกรดไขมันสายสั้น (ดู บิวทิเรต) เชื่อมโยงกับความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นของมะเร็งลำไส้ใหญ่
หากค่าความเป็นกรด - ด่างของอุจจาระมีแนวโน้มที่จะเพิ่มขึ้นเมื่อมี dysbiosis เน่าเปื่อยก็มีแนวโน้มที่จะลดลงเมื่อมี dysbiosis หมักสาเหตุที่จะพบได้ในการบริโภคคาร์โบไฮเดรตมากเกินไปหรือในการดูดซึมที่ไม่ดีของสิ่งเดียวกัน ( โรคช่องท้อง) . แม้จะอยู่ในที่ที่มี "การบริโภคไขมันในปริมาณมาก ในอาหารมังสวิรัติและการอดอาหารเป็นเวลานาน ค่า pH ของอุจจาระก็จะกลายเป็นกรด
เพื่อหลีกเลี่ยงไม่ให้ผลการทดสอบบิดเบี้ยว อุจจาระจะต้องไม่ถูกปนเปื้อนด้วยปัสสาวะ และต้องแช่เย็นอย่างรวดเร็วเพื่อป้องกันไม่ให้แอมโมเนียในปัสสาวะและแบคทีเรียที่เน่าเสียจากการทำให้ pH ในอุจจาระเป็นด่าง